Die heutige Ortslage von Harnrode zählt mit zu den ältesten besiedelten Gebieten unserer näheren Umgebung. Zahlreiche Funde aus der "Nordhessischen Hallsteinkultur" (800-400 v. Chr.) beweisen, dass das Gebiet bereits schon vor ca. 2500 Jahren besiedelt war. Die Siedlung Gottels (Götterstatt), Geiderstatt, Harnröder Höfe, wie Harnrode in alten Unterlagen genannt wurde, lag bis ins hohe Mittelalter an den bedeutendsten Fernstraße dieser Gegend. Territorial und kirchlich gehörte Harnrode in der Frühzeit zu Heringen. Die Grenze des Gerichtes Heringen verläuft parallel mit der Gemarkung Harnrode-Geiderstatt. Die Gemarkung war also der südlichste Teil des germanischen Westgaues.
Kirchlich gehörte Harnrode bis ins 16. Jahrhundert zum Dekanat Heringen, welches dem Verwaltungsbezirk (Archidiakonat) Dorla bei Mühlhausen (Thüringen) unterstellt war. Bei der Nennung des Ortes werden gewöhnlich Gaiderstatt und Harrenröder Höfe (in unterschiedlicher Schreibweise) genannt, wobei zu erwähnen ist, dass der Name Geiderstatt bis in die heutige Zeit, trotz der Wirrnisse des 30jährigen Krieges, als Flurbezeichnung erhalten geblieben ist. Dass die Harnröder Flur besonders fruchtbar war, geht aus dem "Zehnten" hervor, den die Gemeinde an die Heringer Kirche abführen musste. So mussten die Harnröder jährlich vier Malter Brotfrucht (1 Malter = 750 Liter) abliefern, während die ehemaligen Orte Lengers und Wölfershausen, jetzt Teile der Stadt Heringen, nur je zwei Malter abzuliefern brauchten. Wahrscheinlich wurde noch im 16. Jahrhundert die Gemeinde Harnrode der Filialkirche von Heringen nach Lengers angegliedert. Das Gericht Heringen einschließlich Harnrode hat bis 1432 zu Thüringen gehört. In der Verkaufsurkunde vom 8.10.1432 wurden die Orte Heringen, der Hof zu Harrenrode und die Wüstung Geiderstad an den Landgrafen von Hessen verkauft und dem Amt Friedewald unterstellt.
Die Ortsnamenforschung bestätigt, dass die Keimzelle des Ortes die heutige Flur Geiderstatt war und die "Harnröder Höfe" als Rodeland und Afterflur angegliedert wurden. Die Erträge aus dem einstmals so fruchtbaren Ackerland ließen durch den Nährwertentzug und die unzu- reichende Düngung nach, so dass die Bevölkerung sehr kärglich leben musste. Die männlichen Einwohner betätigten sich im Herbst und Winter als Holzfäller und die Transporteure des Holzes aus dem Thüringer Wald durch die "Heimboldshäuser Furt" der Werra über Friedewald nach Breitenbach an der Fulda oder gingen in späteren Jahren als Arbeitskräfte nach Westfalen. Der wirtschaftliche Aufschwung des gesamten Werratales setzte um die Jahrhundertwende durch den Abbau der vorhandenen Kalivorkommen ein.
So wurde im Jahre 1930 die erste Wasserleitung gebaut. Im Jahr 1934 wurde der Friedhof angelegt. Durch den Flüchtlingsstrom aus den deutschen Ostgebieten nach dem Zweiten Weltkrieg musste ein neuer Wohnraum geschaffen werden. In dieser Zeit entstand unter Bürgermeister Ferdinand Heuchel am südwestlichen Teil der Gemarkung die Siedlung "Am Rain".
In einer Beschreibung aus dem Jahre 1770 wurde die Einwohnerzahl mit 84 angegeben. 1988 waren es dann 274 Einwohner. Die Gemarkungsgröße beträgt rund 250 ha.